En el punto número 30 del dictamen final del Juicio a las Juntas Militares de 1985, habilitaba seguir investigando la cadena de mando y responsabilidad militar hacia los grados inferiores. Esto provocó un gran rechazo de quienes fueran el brazo ejecutante de las políticas de exterminio de la Dictadura Cívico-Militar. Para fines de 1986 apenas se había llegado a sentencia en un solo juicio más. El 2 de diciembre, el Tribunal Federal N°1 de La Plata había condenado al jefe de la Policía Bonaerense en la primera etapa de la dictadura, Ramón Camps; a su subjefe, el también militar Ovidio Pablo Riccheri; al director general de Investigaciones, comisario Miguel Etchecolatz y a otros cuatro subordinados por las los crímenes cometidos en la represión ilegal de lo que se conoció como “El Circuito Camps”, que incluía una treintena de centros clandestinos de detención en la Provincia de Buenos Aires.  En este juicio como en el de las Juntas militares se comenzó a exponer la actuación que tuvieron los oficiales y sub oficiales de las fuerzas militares y policiales  en la represión y sobre todo se comenzó a caer el entramado de la Teoría de los Dos Demonios.

El 16 de abril de 1987 Aldo Rico encaró el levantamiento, conocido como Levantamiento Carapintada, que puso al país en vilo hasta el domingo 19, amenazando la democracia al bregar por la impunidad de genocidas.

Luego seguirá el levantamiento de Monte Caseros en 1988 también liderado por Aldo Rico y también el alzamiento de Villa Martelli esta vez dirigido el entonces coronel Mohamed Alí Seineldín, un veterano de la Guerra de las Malvinas, asesor del panameño Manuel Noriega en la formación de comandos, y declarado miembro de la rama más nacionalista  del Ejército, afirmó que el objetivo era “salvar el honor” de las Fuerzas Armadas, pero ya en contacto con dirigentes justicialistas lo que buscaba era que Alfonsín firmara la amnistía general e irrestricta también para los miembros de las organizaciones político-militares de la década de 1970 (Seineldín también se alzaría en contra de la democracia en 1990 bajo la presidencia de Carlos Menem en lo que sería el levantamiento carapintada más sangriento con un saldo de trece fallecidos, de los cuales cinco fueron civiles, y decenas de heridos).

Las revelaciones que surgían en los primeros juicios sobre los delitos de lesa humanidad exponían, además, las responsabilidades de los cuadros medios de las Fuerzas Armadas en el terrorismo de Estado, y el alzamiento carapintada buscaba frenar ese proceso que culminó con la rendición de los sublevados tras la firma de un acta acuerdo con   Raúl Alfonsín.

El comienzo de la impunidad de los represores responsables del Terrorismo de Estado que se desató en Argentina durante los años 1975-1983 fueron la sanción de la leyes de impunidad: la N° 23.521 conocida como Ley de Obediencia Debida que establecía que los delitos cometidos por los miembros de las Fuerzas Armadas cuyo grado estuviera por debajo de coronel (en tanto y en cuanto no se hubiesen apropiado de menores o de inmuebles de personas detenidas desaparecidas), no eran punibles por haber actuado en virtud de la denominada “obediencia debida”, un concepto militar según el cual los subordinados se limitan a obedecer las órdenes emanadas de sus superiores; y la Ley  23.492 conocida como de Punto Final  que estableció la caducidad de la acción penal (prescripción) contra los imputados como autores penalmente responsables de haber cometido el delito complejo de desaparición forzada de personas (que involucró, además, detenciones ilegales, violaciones, torturas y homicidios agravados o asesinatos) que tuvieron lugar durante la Dictadura Cívico-Militar que no hubieran sido llamados a declarar “antes de los sesenta días corridos a partir de la fecha de promulgación de la presente ley”. Fue presentada por los diputados Juan Carlos Pugliese, Carlos A. Bravo y Antonio J. Macris, y promulgada el 24 de diciembre de 1986 por el presidente Raúl Alfonsín. 

Esa decisión causó el categórico rechazo de los organismos de derechos humanos y de los familiares de las víctimas de la dictadura, y de diferentes sectores sociales y políticos.